W 1939 roku został dyrektorem muzycznym opery w Brnie i piastował to stanowisko do roku 1941. Został dyrygentem czeskiej filharmonii (przewodził jej pierwszy raz w 1934 - miał wtedy dwadziecia lat). Po roku 1940 i kilku niemiłych incydentach, m. in. niezasalutowanie Karlowi Hermannowi Frankowi oraz odmowy wykonywania kompozycji Wagnera w czasie wojny - musiał zniknąć z Pragi w obawie przed Gestapo oraz SS i ukrywał się na wsi. Pierwszy powojenny koncert dał w maju 1945 roku, a rok później pomógł w zorganizowaniu letniego festiwalu w Pradze.